Кто выше по должности - министр или губернатор? Или они равнозначны?

В принципе, министр (естественно, федеральный), его распоряжения для губернаторов обязательны, а их для него только как пожелания. А реально зависит от конкретной отрасли и области

Губернатор так то должен. Министры у губернатора сидят на совещание

Губернатор на своей территории, министр в своей отрасли.

Министр главнее.