Если прописана в одном регионе, то в другой области получение справки о несудимости будет долгим?

Зависит не только от региона, но и от того, сколько раз вы меняли фамилию и те же самые регионы.

теперь эта база единая...но до 3-х месяцев может тянуться...

Через сайт госуслуг регион не имеет значения